Existenci staré obchodní osady Prachatice dosvědčují archeologické nálezy již z 9. století. Nejstarší spolehlivá písemná zpráva pochází z 11. století.
S rozvojem města v době vrcholného středověku souvisí i dochovaná písemná informace o existenci městské školy v Prachaticích, pocházející ze 14. století. Touto školou prošla řada prachatických rodáků, z nichž pravděpodobně nejvýznamnějším byl KŘIŠŤAN Z PRACHATIC, pozdější lékař a matematik, rektor pražské univerzity. Podle legendy školu navštěvoval i zakladatel české reformace, jeden z čelních myslitelů středověku, Mistr Jan Hus z Husince.
Ke změnám ve školství dochází ve 2. polovině 19. století s rozvojem industriální společnosti. Tehdy byly Prachatice převážně městem německým, a proto zde bylo 5. října 1865 v budově č. 109 otevřeno německé obecně reálné gymnázium, jedno z nejstarších reálných gymnázií v Čechách. Zřízení této školy znamenalo velký pokrok nejen pro město, ale i pro celé Prachaticko.
Osobností, která se v tehdejší době významně zapsala do dějin českého školství, byl vlastenec, pedagog a psycholog GUSTAV ADOLF LINDNER, ředitel německého gymnázia v letech 1871 – 1872. Jeho zásluhou byla v roce 1872 vydána i první výroční zpráva školy. Po odchodu z Prachatic působil na několika středních školách, v roce 1882 po rozdělení pražské univerzity na univerzitu německou a českou se stal prvním profesorem pedagogiky na české univerzitě.
Rostoucí zájem uchazečů o studium na počátku 90. let 19. století bylo nutno řešit výstavbou nové budovy gymnázia. K zahájení stavby došlo i přes řadu problémů 6. května 1896 a již 27. září 1897 byla budova slavnostně vysvěcena. Vzhledem k nízkému počtu studentů z Prachaticka byl v roce 1904 zřízen studentský útulek v domě č. 240 (v budově „Sovy“, dnešní ZŠ, Zlatá stezka), kde byli ubytováni němečtí studenti z Rakouska.
Po vzniku samostatného československého státu v roce 1918 klesá počet německých studentů, a proto bylo v květnu 1923 německé reálné gymnázium zrušeno.
V té době již v Prachaticích působí české státní reformní reálné gymnázium, na kterém bylo pravidelné vyučování zahájeno 15. září 1920 v budově německého gymnázia. Slavnostní otevření české střední školy proběhlo v neděli 17. října 1920. Tím byly završeny dlouhodobé snahy, především Národní Jednoty Pošumavské, o zřízení českého gymnázia ve městě.