Existenci staré obchodní osady Prachatice dosvědčují archeologické nálezy již z 9. století. Nejstarší spolehlivá písemná zpráva pochází z 11. století.

S rozvojem města v době vrcholného středověku souvisí i dochovaná písemná informace o existenci městské školy v Prachaticích, pocházející ze 14. století. Touto školou prošla řada prachatických rodáků, z nichž pravděpodobně nejvýznamnějším byl KŘIŠŤAN Z PRACHATIC, pozdější lékař a matematik, rektor pražské univerzity. Podle legendy školu navštěvoval i zakladatel české reformace, jeden z čelních myslitelů středověku, Mistr Jan Hus z Husince.

Ke změnám ve školství dochází ve 2. polovině 19. století s rozvojem industriální společnosti. Tehdy byly Prachatice převážně městem německým, a proto zde bylo 5. října 1865 v budově č. 109 otevřeno německé obecně reálné gymnázium, jedno z nejstarších reálných gymnázií v Čechách. Zřízení této školy znamenalo velký pokrok nejen pro město, ale i pro celé Prachaticko.

Osobností, která se v tehdejší době významně zapsala do dějin českého školství, byl vlastenec, pedagog a psycholog GUSTAV ADOLF LINDNER, ředitel německého gymnázia v letech 1871 – 1872. Jeho zásluhou byla v roce 1872 vydána i první výroční zpráva školy. Po odchodu z Prachatic působil na několika středních školách, v roce 1882 po rozdělení pražské univerzity na univerzitu německou a českou se stal prvním profesorem pedagogiky na české univerzitě.

Rostoucí zájem uchazečů o studium na počátku 90. let 19. století bylo nutno řešit výstavbou nové budovy gymnázia. K zahájení stavby došlo i přes řadu problémů 6. května 1896 a již 27. září 1897 byla budova slavnostně vysvěcena. Vzhledem k nízkému počtu studentů z Prachaticka byl v roce 1904 zřízen studentský útulek v domě č. 240 (v budově „Sovy“, dnešní ZŠ, Zlatá stezka), kde byli ubytováni němečtí studenti z Rakouska.

Po vzniku samostatného československého státu v roce 1918 klesá počet německých studentů, a proto bylo v květnu 1923 německé reálné gymnázium zrušeno.

V té době již v Prachaticích působí české státní reformní reálné gymnázium, na kterém bylo pravidelné vyučování zahájeno 15. září 1920 v budově německého gymnázia. Slavnostní otevření české střední školy proběhlo v neděli 17. října 1920. Tím byly završeny dlouhodobé snahy, především Národní Jednoty Pošumavské, o zřízení českého gymnázia ve městě.

Významnou osobností, která měla velký vliv na rozvoj českého školství v Prachaticích, byl profesor gymnázia OTTO CHADRABA. Tento skvělý pedagog vyučoval na škole zeměpis a přírodopis již od roku 1920. Hlubokou úctu a plnou důvěru požíval Otto Chadraba nejen u svých žáků a pedagogů, ale i u občanů města a celého Prachaticka. Jako přední funkcionář Národní Jednoty Pošumavské přispěl k zakládání menšinových škol. V roce 1936 se stal prvním českým starostou Prachatic. Ředitelem školy byl v těžkých letech 1939 – 1940. Za ilegální odbojovou činnost ho nacisté od roku 1943 věznili v koncentračních táborech Osvětim a Buchenwald. Po osvobození se s podlomeným zdravím vrátil k pedagogické práci jako ředitel gymnázia v Berouně, kde působil až do své smrti v roce 1952.

Úspěšná práce gymnázia byla násilně přerušena na podzim 1938, kdy po obsazení Prachatic došlo k jeho přemístění do Vodňan, v prosinci 1940 k úplnému zrušení a převedení části studentů do Strakonic.

Po osvobození je pravidelná výuka v Prachaticích zahájena již v září 1945. V následujících letech byl vývoj školy poznamenán celospolečenskými změnami. V roce 1953 došlo ke zřízení jedenáctileté střední školy, v září 1958 dvanáctileté střední školy, na ni navázala od roku 1960 střední všeobecně vzdělávací škola. Postupně docházelo i ke zlepšení materiálních podmínek školy. Počínaje školním rokem 1966/67 měla SVVŠ k dispozici celou budovu, ZDŠ se přestěhovala do nového areálu. V takto získaných prostorách byly odborné učebny.

Uvolnění konce 60. let přineslo možnost experimentálního víceletého studia a obnovení gymnázia čtyřletým studiem humanitní a přírodovědné větve. Toto studium bylo na počátku 80. let nahrazeno studiem tzv. ZVOP.

V polovině osmdesátých let byl dostaven pavilon přístavby se čtyřmi učebnami a tím byly vytvořeny podmínky pro další rozvoj školy.

Po roce 1989 došlo ke změnám nejen obsahovým, ale i organizačním. Počínaje školním rokem 1990/1991 nastoupili studenti do dvou tříd víceletého gymnázia a do dvou tříd čtyřletého gymnázia se všeobecným zaměřením, což jim umožnilo větší možnost výběru volitelných předmětů s přihlédnutím k budoucímu vysokoškolskému studiu.